SOS Fshati i fëmijëve Maqedoni e filloi punën e tij me formimin e Shoqatës qytetare në vitin 2001. Nga pranimi i fëmijës së parë në vitin 2002, organizata zhvillohet në mënyrë të vazhdueshme dhe po e zgjeron fushën e saj të veprimit.

Sot, SOS Fshati i fëmijëve Maqedoni kujdeset për fëmijët dhe të rinjtë pa kujdes prindëror dhe punon në mënyrë të përkushtuar në fushën e parandalimit social, duke i përforcuar familjet në rrezik social në të cilat fëmijët janë në rrezikun më të madh që ta humbasin kujdesin nga prindërit e tyre.

Njëkohësisht, implementon edhe shumë programe dhe projekte për fëmijë dhe të rinj në rrezik social, si edhe projekte për ndërtimin e kapaciteteve të institucioneve dhe profesionistëve që punojnë në sistemin e kujdesit të fëmijëve pa kujdes prindëror. I përfaqëson në mënyrë aktive dhe lobon për realizimin e të drejtave të fëmijëve, si edhe për ndryshime në aktet ligjore dhe aktet nënligjore, me qëllim krijimin e mjedisit rrethues të favorshëm për ofrimin e shërbimeve sociale shumë cilësore. Kuvendi i përgjithshëm dhe Bordi Drejtues janë trupat supreme përgjegjëse  për marrjen e vendimeve. Ekipi i menaxhimit kombëtar është përgjegjës për realizimin e të gjitha programeve dhe projekteve të SOS Fshati i fëmijëve Maqedoni.